Bộ phim bắt đầu vào ngày 19 tháng 10 năm 2015 tại Hawaii và tiếp tục ở Úc. Việt Nam là địa điểm quay của phim của Kong: Đảo Đầu lâu với bối cảnh quay chính ở quần thể di sản thế giới Tràng An (Ninh Bình), 3 địa điểm ở Quảng Bình và vịnh Hạ Long ở Quảng Ninh. Việc quay phim đã diễn ra trong khu phố Tàu Honolulu và tại Kualoa Ranch và Waikane Valley (Ohulehule Forest Conservancy) trên Oahu.[11][12]

Tại Việt Nam

Ngày 18 tháng 2 năm 2016, chuyên cơ chở gần 120 thành viên của dự án Kong: Đảo Đầu lâu đã hạ cánh xuống sân bay Nội Bài để bắt đầu 2 tháng quay phim tại Việt Nam. Theo thông tin từ Cục Hợp tác quốc tế, Quảng Bình sẽ là địa điểm quay phim đầu tiên của đoàn làm phim. Lịch trình này sẽ được khép lại tại vịnh Hạ Long vào cuối tháng 3, sau khi đoàn hoàn thành các cảnh quay tại bối cảnh chính là Quần thể di sản thế giới Tràng An Ninh Bình - dự kiến kéo dài khoảng 1 tháng. Bộ phim được kỳ vọng sẽ mở ra một bước đột phá để thu hút các dự án phim quốc tế đến với Việt Nam, đồng thời là cơ hội quảng bá ngoạn mục cho ngành Du lịch Việt Nam phát triển.

'Kong: Đảo Đầu lâu' được kỳ vọng sẽ mở lại cánh cửa cho Hollywood đến Việt Nam.[13] Việt Nam gây chú ý trở lại với các hãng phim thế giới nhờ cảnh đẹp thiên nhiên. Năm 2014, hơn 10 chuyên gia của phim Pan đã đến đây để ghi hình trong hai tuần tại Hang Én (Quảng Bình), Vịnh Hạ Long và Trường An (Ninh Bình). Tháng 10/2015, đạo diễn Jordan Vogt-Roberts sang Việt Nam và đi dọc từ Bắc vào Nam trong hơn một tháng để khảo sát các bối cảnh cho bom tấn Kong: Đảo Đầu lâu. Sau khi khảo sát, ông đã ca ngợi và quyết tâm đưa Việt Nam lên màn ảnh đẹp tầm cỡ như phim Chúa Nhẫn. Kong: Đảo Đầu lâu đánh dấu sự thay đổi cái nhìn của các nhà làm phim thế giới với các nhà quản lý Việt Nam. Ngay từ khi dự án ngỏ lời tới Việt Nam, Thủ tướng chính phủ sau đã chỉ đạo bộ ngành liên quan như Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Công an, Bộ Thông tin Truyền thông hỗ trợ và hợp tác với đoàn phim trong quá trình làm việc. Sau Kong, các nhà quản lý Việt Nam đang tích cực quảng bá đất nước như phim trường mới cho thế giới. Ông Ted Osius, Đại sứ quán Mỹ ở Việt Nam, bày tỏ: "Kong mở ra chương mới cho Hollywood đến Việt Nam. Sau Kong, nhiều bom tấn Hollywood khác sẽ đến Việt Nam. Điều này thúc đẩy quan hệ hợp tác giữa ngành công nghiệp phim Việt Nam với ngành điện ảnh hàng đầu thế giới - Hollywood".

Chủ Nhật 21 tháng 2 năm 2016, đoàn làm phim Kong: Đảo Đầu lâu đã có buổi họp báo ra mắt thành công tại Hà Nội. Tham dự có Thứ trưởng Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch Việt Nam Vương Duy Biên và Phó Chủ tịch tỉnh Ninh Bình là Trần Tiến Dũng cùng với khoảng 150 nhà báo tới tham dự tại phòng họp khách sạn Metropole.

Quảng Bình

Sáng ngày 21 tháng 2 năm 2016 đoàn làm phim Kong: Đảo Đầu lâu đã đến Quảng Bình.[14] Thời gian quay tại đây từ 22-25 tháng 2 năm 2016. Các địa danh Quảng Bình được chọn làm địa điểm quay phim gồm thung lũng Chà Nòi thuộc khu vực đèo Đá Đẽo xã Thượng Hóa, huyện Minh Hóa; hồ nước Yên Phú thuộc xã Trung Hóa, huyện Minh Hóa và khu vực sông suối, hang Chuột thuộc xã Tân Hóa, huyện Minh Hóa.[15]

Ninh Bình

Tại Ninh Bình, Đoàn làm phim Kong: Đảo Đầu lâu ghi hình từ ngày 26 tháng 2 năm 2016 đến 25 tháng 3 năm 2016 tại các địa danh: Quần thể danh thắng Tràng An (tại xã Ninh Xuân, huyện Hoa Lư), Khu bảo tồn thiên nhiên Vân Long (huyện Gia Viễn) và Khu du lịch Tam Cốc - Bích Động (xã Ninh Hải, huyện Hoa Lư) của tỉnh Ninh Bình.

Phim trường chính ở Tràng An có khoảng 40 cái lều có hình chóp nhọn như nhà của thổ dân châu Phi, có các con thuyền gỗ dài giống như thuyền mà thổ dân hay sử dụng. Đoàn làm phim cũng thiết kế các giá treo bằng tre như người dân vùng biển dùng để treo cá, phơi cá. Tất cả đều sử dụng vật liệu truyền thống như tre, nứa, gỗ… Nhân dịp lễ hội Tràng An 2017, phim trường Kong: Đảo Đầu lâu được phục dựng tại xã Ninh Xuân với diện tích khoảng 10 hecta, gồm 36 túp lều chóp nhọn cùng sự tham gia của hơn 50 người đóng vai thổ dân, cùng với đó là làm lại các thuyền gỗ dài giống như thuyền mà thổ dân hay sử dụng lúc quay phim và thiết kế lại các giá treo bằng tre dùng để treo cá, phơi cá, tất cả được làm từ những vật liệu truyền thống như tre, nứa, gỗ... Một số mô hình như máy bay, súng của lính Mỹ trong phim cũng được phục dựng bên cạnh các bờ suối. Lối đi từ cổng vào phim trường được lát đá và có hàng chục người dân được hóa trang thành thổ dân đứng trước cổng và đi lại xung quanh.[16][17]

Tại khu vực đầm Vân Long, đạo diễn đã yêu cầu khu du lịch dâng nước để tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình quay phim. Họ cũng yêu cầu hút bùn, vệ sinh môi trường để không làm ảnh hưởng đến chất lượng của cảnh quay. Trong thời gian phục vụ quay người dân khu vực tạm ngừng vụ cấy.[18]

Ngày 27 tháng 2 năm 2016, Đại sứ Mỹ, ông Ted Osius đã có buổi thăm đoàn làm phim Kong: Đảo Đầu lâu tại Trường An, Ninh Bình. Đây cũng là thời điểm đoàn phim tiến hành những cảnh quay đầu tiên ở đây.[19] Bến thuyền Trường An đã bị quá tải vì phim 'King Kong 2'.[20]

Tối ngày 3 tháng 3 năm 2016, đạo diễn của phim Kong: Đảo Đầu lâu - Jordan Vogt-Roberts đã đăng tấm ảnh chụp cùng Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng trên trang cá nhân. Bức ảnh được chụp tại một nhà hàng ở chùa Bái Đính, Ninh Bình. Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đang có việc tại Ninh Bình nên ghé qua thăm đoàn làm phim và dùng bữa tối cùng các thành viên trong đoàn.[21]

Ngày 4/3/2016, các nhà báo, nhà phê bình điện ảnh từ 5 nước Hàn Quốc, Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, Thái Lan cùng 2 nhà báo Việt Nam từ Thanh Niên và VnExpress theo lời mời của Hãng phim Mỹ Warner Bros. để tham quan trường quay của phim tại Ninh Bình.[22]

Quảng Ninh

Bộ phim đã quay cảnh tại Vịnh Hạ Long, Quảng Ninh.